در روز 24 تیر ماه 1318 برابر با 28 صفر 1358 قمری در مشهد مقدس پسری چشم به جهان گشود. سید علی دومین پسر خانواده بود. پدرش حجت الاسلام والمسلمین سید جواد خامنه ای (ره) مانند بیشتر روحانیون و مدرسان علوم دینی, زندگی بسیار ساده ای داشت.

" پدرم روحانی معروفی بود, اما خیلی پارسا و گوشه گیر... زندگی ما به سختی می گذشت. من یادم هست شب هایی اتفاق می افتاد که در منزل ما شام نبود! مادرم با زحمت برای ما شام تهیه می کرد و ... آن شام هم نان و کشمش بود. منزل پدری من که در آن متولد شده ام تا چهار, پنج سالگی من یک خانه ی 60-70 متری در محله ی فقیر نشین مشهد بود که فقط یک اتاق داشت و یک زیر زمین تاریک و خفه ای! هنگامی که برای  پدر میهمان می آمد (و معمولا بنا بر این که روحانی و محل مراجعه مردم بود, میهمان داشت) همه ی ما باید به زیر زمین می رفتیم تا مهمان برود. بعد عده ای که به پدر ارادتی داشتند, زمین کوچکی را کنار این منزل خریده به آن اضافه کردند و ما دارای سه اتاق شدیم.

مادرم یک خانم بسیار فهمیده کتابخوان دارای ذوق هنری و شاعری بود و با قرآن کاملا آَشنا بود. خیلی اوقات بچه ها را جمع می کرد و قصه هایی از زندگی پیامبران را از قرآن برایمان تعریف می کرد. بسیاری از اشعار حافظ را بنده از زبان مادرم شنیدم."

سید علی تحصیل را از 5 سالگی در مکتب خانه آغاز کرد و قرآن و الفبا را آموخت و سپس به دبستان رفت.

" روز اولی که به دبستان رفتم روز خوبی بود. عده بچه ها ی کلاس اول زیاد بود. روز پر شور و شعفی بود. البته من چشمم ضعیف بود و این در دوره اول مدرسه باعث نقص کار من می شد. تا مدتها خانواده متوجه نشدند. آن وقتی که من عینک زدم حدود سیزده سالم بود. کلاس پنجم و ششم به ریاضی و تاریخ و جغرافیا علاقه داشتم. قرآن خوان مدرسه هم بودم. همان ایام منبر آقای فلسفی را از رادیو گوش می دادیم. من منبر او را در بچگی تقلید می کردم و کتاب دینی را با صدای بلند شبیه او می خواندم. من بین سنین ده و سیزده سالگی معمم بودم. چون پدرم با هر کاری که رضاخان می کرد مخالف بود از جمله اتحاد لباس و دوست نداشت همان لباسی که رضاخان به زور می گوید بپوشیم.

از اوایلی که به مدرسه می رفتم با قبا می رفتم, زمستانها مادرم عمامه به سرم می پیچید. مادرم هم دختر روحانی بود و هم خواهر روحانی بود برای همین عمامه بستن را هم خوب بلد بود. البته با همان لباس با بچه ها بازی و شیطنت هم می کردیم.

من در دوره ی جوانی شعر گفتن را شروع کردم و گاهی شعر هم می گفتم و خوب و بد شعر را می شناختم و در انجمن ادبی مشهد نقدهایی که به اشعار انجام می دادم غالبا مورد تایید حضار و حتی خود شاعر بود. این مربوط با سالهای 36-37 است که تا سال 44 ادامه داشت بعد مبارزات ما را از شعر به کلی دور کرد. تا در این چند سال اخیر مجدد احساس کردم مایلم چیزی بر زبان بیاورم. از شعرهایی که من گفتم چند غزل بیشتر دردست مردم نیست."

از سال 1337 تا 1343 در حوزه ی علمیه ی قم به تحصیلات عالی در فقه و اصول فلسفه, مشغول شدند. در سال 1343, از مکاتباتی که با پدرشان داشتند متوجه شدند که یک چشم پدر به علت آب مروارید نابینا شده است, بسیار غمگین شدند و بین ماندن در قم و ادامه تحصیل و رفتن به مشهد و مواظبت از پدر مردد شدند. سرانجام به این نتیجه رسیدند که از قم به مشهد مهاجرت کنند و از پدرشان مواظبت نمایند.

بعضی از اساتید و آشنایان افسوس می خوردند که چرا ایشان به این زودی حوزه علمیه قم را ترک کردند, اگر می ماندند در آینده چنین و چنان می شدند! ... اما آینده نشان داد که انتخاب ایشان درست بوده و دست تقدیر الهی برای ایشان سرنوشتی دیگر و بهتر و والاتر از محاسبات آنان, رقم زده بود. آیا کسی تصور میکرد که در آن روز جوان عالم پر استعداد 25 ساله, که برای رضای خدا و خدمت به پدر و مادرش از قم به مشهد می رفت, 25 سال بعد, به مقام ولایت امرمسلمین خواهد رسید؟!

ایشان در مشهد دست از ادامه درس برنداشتند و جز ایام تعطیل یا مبارزه و زندان و مسافرت, به طور رسمی تحصیلات فقهی و اصول خود را تا سال 1347 ادامه دادند.

منبع: هفته نامه ی صبح صادق, به نقل از کتاب زندگی نامه مقام معظم رهبری, انتشارات ولایت